Konji ne bi trebali biti jahani dva sata prije tretmana niti ostatak dana nakon tretmana. Nakon tretmana konj se može ostaviti u boksu, pustiti u ispust (to je uvijek poželjno), eventualno prošetati na ruku, ali bez zahtjevnijih aktivnosti (fizičkih i psihičkih). Kod konja je poželjno tretman raditi u vrijeme kada je u štali mirno i kada konji ne dobivaju obroke. Koliko god je moguće vrijeme tretmana treba prilagoditi na način da koncentrirani obrok dobiju barem sat vremena prije tretmana ili tek iza tretmana ako i inače dobivaju obrok u to vrijeme. Nepojedeno sijeno u boksu za vrijeme tretmana nije problem, dapače, poželjno je da ga konji uvijek imaju. Konj prije tretmana treba biti suh i čist, uključujući i noge.

Prije prvog shiatsu tretmana u razgovoru s vlasnikom doznajem niz informacija o ljubimcu, i to ne samo o problemima zbog kojih je tretman zatražen, nego i o prošlosti ljubimca, životnim i prehrambenim navikama, ponašanju prema drugim životinjama i ljudima, eventualnim strahovima i slično. Ove informacije sastavni su dio cjelovite procjene životinje i njenih neravnoteža kojima se bavim u tretmanu. Zbog toga molim da za prvi tretman odvojite tridesetak minuta više nego za iduće tretmane.

Tretman konja najčešće se radi u boksu, no odabir mjesta ovisi o tome gdje se konj osjeća ugodno i opušteno. Ako se tretman odvija u zatvorenom prostoru, konji su odvezani. Većina konja odlično prihvati već prvi tretman, a konji također i vrlo jasno pokazuju reakcije na tretiranje pojedinih meridijana i točaka što je korisno za određivanje samog tijeka tretmana. Da bi konj mogao biti usredotočen na tretman, potreban mu je mir, odnosno poželjno je da nema puno ometanja, pa je idealno da se tretman radi u vrijeme kada u štali nije velika gužva i buka. Tretman je bolje planirati u vrijeme odvojeno od hranjenja.  Poželjno je da je sijeno konjima dostupno cijeli dan, no ako nije, bilo bi dobro da ni obrok sijena ne dobivaju u vrijeme početka tretmana nego barem sat vremena prije. Tretman traje otprilike sat vremena.

Odgovor na ovo pitanje ovisi o životinji i tome ima li zdravstvenih problema te koliko dugo oni traju. Za akutna stanja koja kraće traju potreban je i manji broj tretmana, ponekad samo jedan. No za kronična stanja koja traju tjednima, mjesecima pa i godinama, potreban je i veći broj tretmana. Često se pozitivna promjena na životinji vidi već nakon prvog tretmana, no u slučaju kroničnih poteškoća preporučuje se napraviti tri tretmana u razmacima od sedam do 14 dana te tada procijeniti odgovor životinje na tretmane i na temelju njega odrediti najbolju dinamiku daljnjih tretmana. Kronična stanja se često sa nekoliko učestalih tretmana mogu dovesti „pod kontrolu“, nakon čega se životinja u tom boljem stanju održava manje učestalim tretmanima, primjerice  jednom mjesečno.  Navedene su općenite smjernice, a optimalna dinamika primanja tretmana određuje se za svaku životinju individualno. Učestalost tretmana životinja sa psihološkim poteškoćama te posljedičnim problemima u ponašanju, također se određuje individualno i može jako varirati ovisno o problemu i životinji.